La transformación digital en el ámbito de la salud ha propiciado importantes avances en la calidad, eficacia y oportunidad de los servicios médicos en todo el mundo. En el contexto cubano, esta transformación ha estado impulsada por una política nacional orientada a informatizar el sistema nacional de salud, lo que ha dado lugar al desarrollo de una amplia gama de soluciones informáticas especializadas. Entre ellas se destacan sistemas como SiSalud, el Registro Nacional de Cáncer, el Registro Público Cubano de Ensayos Clínicos, XAVIA SIDEC, y una Historia Clínica Electrónica centralizada entre otros. Estos sistemas han impactado positivamente en la gestión de servicios, sin embargo, el principal desafío actual se centra en la interoperabilidad entre ellos. La investigación se centra en presentar una arquitectura de interoperabilidad entre los componentes del ecosistema digital de salud en Cuba. Esta investigación utilizó un enfoque mixto con métodos cualitativos y cuantitativos que ayudaron a identificar las oportunidades que ofrece la articulación de estos sistemas para la creación de flujos seguros de intercambio de datos. Los resultados recalcan el valor del cumplimiento de las regulaciones nacionales e internacionales sobre privacidad, confidencialidad y buenas prácticas en la investigación clínica. En general, la investigación destaca la importancia de la interoperabilidad para optimizar tanto la atención médica como la ejecución de ensayos clínicos, permitiendo que cada componente, desde registros de información hasta plataformas específicas de monitoreo, contribuya al flujo seguro y ético de la información en beneficio de la salud pública.