La comunicación constituye uno de pilares identificados para la gestión de gobierno orientado a la innovación, el impulso de políticas públicas y el desarrollo en Cuba. Aunque se implementan acciones para facilitar las conexiones entre el sistema institucional de gobierno (SIG) y el Sistema Ciencia Tecnología e Innovación (SCTI), aún la comunicación queda aislada de su funcionabilidad transversal en estos procesos y en la propia vida cotidiana. En el presente estudio se parte del análisis del Modelo de Gestión de Gobierno orientado a la Innovación (MGGI), donde la comunicación no se percibe desde su lógica procesual, lo cual limita la efectividad de los procesos comunicativos y la activa participación de actores en el acompañamiento de políticas gubernamentales hacia la ciencia e innovación. Se emplea un diseño no experimental transeccional descriptivo con una perspectiva metodológica mixta, (CUAL-cuan) con preponderancia cualitativa, y se aplican un grupo de métodos del nivel teórico, empírico y matemático- estadístico, así como técnicas de investigación entre las que destacan: la entrevista en profundidad (semiestructurada), el cuestionario, la observación no participante, el análisis de contenido cualitativo, la Matriz DAFO, que permiten la profundización del fenómeno en sí. Como resultado, se elabora un Modelo de comunicación de la ciencia y la innovación para el sistema institucional de gobierno en Cuba, validado por el método criterio de expertos, el cual enfrenta desafíos ante la demandada articulación del sistema social, sistema comunicativo y sistema referencial (SS- SC- SR) con el SIG, el SCTI y políticas de Ciencia, Tecnología e Innovación (CTI).