La identificación precisa de genes de resistencia antimicrobiana y virulencia es fundamental para combatir infecciones bacterianas, optimizar tratamientos y controlar brotes epidemiológicos. Mientras los métodos tradicionales (pruebas fenotípicas, PCR) ofrecían datos limitados, la secuenciación del genoma completo (WGS) ha permitido un análisis exhaustivo del genoma bacteriano, revelando marcadores genéticos clave con una resolución sin precedentes. Sin embargo, el verdadero potencial de WGS depende de herramientas bioinformáticas avanzadas, capaces de procesar grandes volúmenes de datos para identificar estos genes de manera rápida y precisa. El objetivo principal de esta investigación es el desarrollo de un flujo de trabajo que permita la identificación precisa de genes de virulencia y resistencia a fármacos mediante la aplicación de la bioinformática en el análisis de los datos. El flujo de trabajo desarrollado consta de 5 etapas, se tomó como ejemplo datos de secuenciación del Campylobacter jejuni y se logró identificar genes de resistencia y virulencia en poco tiempo y con costos computacionales relativamente bajos. Este estudio fomenta la investigación y desarrollo de nuevas prácticas en el análisis del genoma bacteriano, en un escenario de creciente resistencia a antibióticos, donde la caracterización genómica temprana puede guiar terapias dirigidas y políticas de salud pública.